Történet:
Az alaphelyzet a Föld és a Kolóniák konfliktusából indul ki, de a probléma gyökere mélyebben rejlik. Genetikai kísérletek révén a tudósok eljutottak odáig, hogy kifejlesztették a "tökéletes" embereket, ők lettek a Coordinatorok. Szebbek, okosabbak, ügyesebbek és mindenben jobbak, mint a természetes úton született emberek, a Naturalsok. Ez egy alapvető féltékenységet szült a normál emberek közt, így a Coordinatorok többsége az űrben élt a kolóniákon, és saját politikai, gazdasági és katonai szövetséget alapítottak a kolóniáik között, ez lett a ZAFT. Voltak, akik békére törekedtek a Földdel, így alakultak semleges területek, ahol Coordinatorok és Naturalsok békében élhettek egymás mellett. De egy béketárgyaláson merénylet történt, és meggyilkolták a United Nations vezetőit, így a Föld egyoldalúan háborút hirdetett. Ez vezetett a Június 7 nevű kolónia tragédiájához, amit később Bloody Valentine Tragedy-ként neveztek el. Ez az esemény megpecsételte a Coordinatorok és Naturalsok közti kapcsolatot.

A háború nem ért itt véget, de a történet kicsit messzebb kezdődik, közel egy évvel később. Főszereplőnk Kira Yamato Heliopolison él, ami egy semleges kolónia, és barátaival együtt mindennap hallanak a háborúról, de úgy gondolják, hogy ide nem fog elérni. De egy nap a ZAFT emberei megtámadják őket, mert megtudták, hogy az Orb (egy Földi szövetség, ami békepárti) katonai fegyvereket gyárt ezen a kolónián. Így a ZAFT ezt fenyegetésnek érezte.

Az Orb politikája: "Az Orb nem támad meg más nemzeteket, nem hagyja, hogy más nemzetek megtámadják, és nem avatkozik bele más nemzetek ügyeibe."

A támadás közben Kira elkeveredik a barátaitól, és végül egy ZAFT katonával találja magát szemben, de a fiatal katona felismeri legjobb gyerekkori barátját és döbbenten állnak egymással szemben "ellenségekként". Athrun Zala nem akarja megölni barátját, de a helyzet elég szerencsétlenül alakul. Kirát berángatják egy Mobile Suitba, és menekülni próbál egy katonatiszttel együtt. Ugyan senki se kényszeríti, de hogy megvédje a barátait, muszáj vezetnie az új robotot. A gép operációs rendszere túl bonyolult egy normál embernek, így rögtön kiderül, hogy Kira Coordinator, mivel elsőre képes irányítani a Mobile Suitot. Ezek után nem lesz választása, nincs más, aki rajta kívül irányítani tudná a Gundamet, így a katonák ott tartják a barátait és őt is. Kira viszont nem akar harcolni. Innentől kezdődik szereplőink vergődése a politika, a bosszú, a bűntudat és az érzelmek hálójában.